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YOLOvME:菌落计数、涂片评估和野生动物检测

了解 Martin Schätz 如何在传染病研究、菌落计数和野生动物监测中利用YOLOv5 进行高效的图像分析。

您是否曾经需要评估无数的图像、数据和结果等?更复杂的是,您还必须手动完成这些评估工作吗?当然,这非常耗时。

对马丁-沙茨(Martin Schätz)来说,YOLOv5 已被证明是一种有用的工具,可以缩短传染病研究和监测所需的图像分析时间。虽然马丁身兼数职,但他的工作重点是生物图像分析,他将这一领域描述为 "计算机科学与生物学之间的结合点"。我们想更多地了解马丁在菌落监测和计数方面的工作,因此我们坐下来问了他几个问题。

YOLOv5 究竟能做什么?

马丁为其项目实施YOLOv5 的逻辑源于对现有对象检测、分类和计数流程自动化的需求。马丁还希望将YOLOv5 用于长期进化实验(Long-Term Evolution Experiment)等情况。

菌落计数YOLOv5

细菌菌落计数

在实验室中,琼脂平板上生长的细菌菌落通常由技术人员手动计数。遗憾的是,人工计数容易导致结果出错。为了解决这个问题,马丁利用YOLOv5 实现了计数过程的自动化。这种方法大大减少了与菌落检测和分类相关的误差和时间。

微观物体检测与分类

要在显微镜下进行检测,就必须对涂片进行评估。这仍然是一个主要由人工完成的过程。我们知道,人工操作更容易出错,结果也更容易变化。此外,虽然有适当的工具来检测特定形状的物体,但自动计数和分类各种物体的工具更为专业。

涂片检验YOLOv5

野生动物探测和监测

"我的同事们在森林和其他地方录制野生动物,通常都是手动处理视频,这意味着他们必须坐下来处理数百个视频"。

考虑到手动搜索视频中的野猪或鹿可能会耗费大量时间,Martin 知道物体检测绝对可以优化这一过程。在这里,YOLOv5 ,当动物进入摄像机视线时,就能轻松、即时地检测到野生动物。

利用YOLOv5

您是如何进入机器学习和视觉人工智能领域的?

在攻读硕士学位时,马丁学习了他喜欢称之为 "图像分析的经典方法"。在完成学业的同时,深度学习开始被越来越多的人所关注,当时它还只是被称为 "卷积网络"。

在此期间,马丁从事的是数据挖掘工作,但数据的可用性并不高。马丁希望能够亲自动手处理数据,于是他选择进入机器学习和视觉人工智能领域。

您对YOLOv5 入门者有何建议?

目前,学习 ML 和视觉人工智能的过程可能相当复杂。作为一个使用视觉人工智能已有一段时间的人,马丁为希望入门的人提到了三点:

  1. "作为一名科学家,我更喜欢先阅读所有的东西,这样我就可以重新阅读我第一次没有完全理解的东西"。在深入训练模型之前获得基本的理解会让新手更容易上手。
  2. 此外,马丁还提到了研究他人用例的作用。看看别人在做什么可以为你的用途和项目带来灵感。
  3. 反复运行和测试你的项目。如果发现需要修改,就回去修改,然后继续进行更多的测试和迭代。


马丁-沙茨马丁-沙茨(Martin Schätz)是一名研究员,同时也是一名教师,主要研究生物图像分析和共聚焦显微镜数据处理。马丁所从事项目的动机是优化传染病研究和监测的图像分析流程。您可以在马丁的 GitHub 仓库.此外,马丁还是 NEUBIAS组织的成员,该组织致力于推广生物学/显微学领域最常用的科学图像分析工具,包括这些 训练有素的深度学习模型在模型 Zoo 中。

我们也希望关注您的YOLOv5 用例!在社交媒体 @Ultralytics 上用 #YOLOvME 标记我们,就有机会被报道。


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